东南大学物理系起源于三江师范学堂来自于1904年设立的格致科,先后更名为理化科、理化数学部、数学理化部等360百科。1920年,南京高等师范学校时期的数学理化部与国文史地部合并为文理科,下设物理系等8个系。1952年全国院系调整,南京工学院设立物理教研组,物理系从此中断。直到1983年重建理化系,1988年成立物理系,2017年1月更名为物理学院。在物理学院发展的耐支轴探及娘百余年历史长河中,涌现出了吴健雄、李国鼎、严济慈等著名学者。