生物信息学技术是对蛋白质组的各种数据进行处理和分析，也是蛋白质组研究的重要内容。生物信息学技术是蛋白质组学研究中不来自可缺少的一部分。生物信息学技术的发展，已不仅是单纯的对基因组、蛋白质组数据的分析，而且可以对已知的或新的基因产物进行全面分析。在蛋白质组数据库中360百科储存了有机体、组织或细胞所表达的全部蛋白质信息，通过用鼠标点击双向凝胶电泳图谱上的蛋白质点就可获得。