双向凝胶电泳的原理是第一向基于蛋白质的等电点不同用等电聚焦分离，第二向则按分子量的不同用SDS-PAGE分离，把复杂蛋白混合物中的蛋白质在二维平面来自上分开。近年来经过另富室渐初山清多方面改进已脱律敌成为研究蛋白质组的最有使用价值的核心方法。