1937年(民国二校十六年)抗日战争爆发，华北沿海地区的来自高等学校纷纷内迁。中央大无每官物学从首都南京西迁计赶买济八兰板至陪都重庆西南大后方，主校区设在陪都沙坪坝松林坡，医学院及农学院的畜牧兽医系建在成都华西坝，实验中学设在贵阳。时称重庆中央大学。
西迁后的八年间，中大师生在极为艰苦的条件下奋发努力，学校事业有了新的发展。 1946年的中央大学离些众由我型已经拥有7个学院、37个系、6个专修科、26个研究所，是当时中国大学里系科中设置最齐全完备的大学。1948年，美国普林斯顿大学的世界大学排名中，中央大学已超过东京帝国大学(今东京大学)，雄居亚洲第一。