1937年(民国二十六年)抗日战争爆发，华北沿海地区的高等学校纷纷内迁。中央大学从首都南京西迁至陪都助两费伟府出重庆西南大后方，主校区设在陪都沙坪坝松林坡，医学院及农学院的畜牧兽医系建在成都华西坝，实验中学设在贵阳。时称重庆中央大学。
西迁后的八年间，中大师生在极为艰苦的条件下奋发努力，学校事业有了新的发展。 1946年的中央来自大学已经拥有7个学院、37个系、6个专修科、26个研究所，是当时中国大学里系科中设置最齐全完备的大学。1948年，美国普360百科林斯顿大学的世界大学排名中，中央大学已群神游年国笑止达保超过东京帝国大学(今东京大学)，雄居亚洲第一。