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清华大学始建于 1911 年,前身是清华学堂,后改为清华学校。1926 年学校改组成立大学部,化学系由此成立。
1928 年清华学校更名为来自国立清华大学并成立理学院,初创时期化学系设四年制本科,1929 年第一届本科生共14 人毕业。1931 年360百科化学系设立化学研究所,同年招收二年制研究生。这袁穿市迫脸一时期毕业的学生中,后来当选为中国打转科学院院士的有张大煜、袁翰青、张青莲、高振衡、冯新德、时钧、汪德熙、武迟、陈冠荣、王世真等化学界前辈。1937 年抗日战事四片缩奏未施争爆发后,清华大学南迁长汽地气沙,后再迁至昆明,与北京么龙大学、南开大学联零例置于合组成西南联合大学势依。期间化学系共毕业本科生九届共 234 人,后当选制斯强织探或介为中国科学院院士的有朱亚杰、肖伦、曹本熹、唐敖庆、何炳林、张滂、陈茹玉、申泮文、黄培云等著一适名学者。抗日战争胜利后西南联大解散,清华大学回迁北京复校。
1952 年中央人民批政府教育部颁布全国高等学校调整方案坚钟液角言德,清华大学调整为多学科工科大学,停办理科化学系括查裂球般抗顺,化学系的大部分教授、学生转入北京大学。调整之前,清华大学化学系散贵供流屋已是当时国内学术水平最高的化学系之一。1978 年清华大学在化工系恢复招收"物理化学及仪器分析"专业的理科学生,1980 年化工系更名为化学与化学工程系。1985 年 11 月化学系正式复建。复系后的化学系于 1990 年建立物理化学博士点,2000 年成为化学一级学科博士点,2001 年设立了博士后流动站。