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清华大学始建于 1911 年,前身是清华学堂,后改为清华学校。1926 年学校改组成立大学部,化学系由此成立。
1928 年清华学校更名为国立清华大学并印便成立理学院,初创时期化学系设四年制本科,1929 年第一届本科生共14 人毕业。1931 年化学系设立化学研究所,同年招收二年制研究生。这一时期毕业的学生中,后来当选为中国科学院院士的有张大煜、袁翰青、张青莲、高振衡、冯新德、时钧、汪德熙、武迟、陈冠荣、王世真等化学款口演基助批析长界前辈。1937 年抗日战争爆发后,清华大学南迁长沙,后再迁至昆明,与北京大学、南开大学联合组成西南联合大学。期间化学系共毕业本科生九届共 234 人,后当选为中国科学院院士的有朱亚杰、肖伦、曹本熹、唐敖庆、何炳林、略差苗资穿坐相张滂、陈茹玉、申泮文、黄培云等著名学者。抗日战争胜利后西南联大解散,清华大学回来自迁北京复校。
1952 年中央人民政府教育部颁布全国高等学校调360百科整方案,清华大学调整矛字凯级液脚玉叶为多学科工科大学,停办理科化学系,化学系的大部分教授、学生转入北京大学。调整之前,清华大学化学系已是当时国内学术水平最高的化学系之一。1978 乱划六继洲理季击年清华大学在化工系恢复招收"物理化学及仪器分析"专业的理科学生,1980 年化工系更名为化适意是步维学与化学工程系。1985 年 11 月化学系正式复建。复系后的轴报部形化学系于 1990 年建立物理化学博士点,2000 年成为化学一级学科博士点,2001 年设立了博士后流动站。