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清华大学乐灯频却器士低始建于 1911 年,前身是清华学堂,后改为清华学校。1926 年学校改组成立大学部,化学系由此成立。
1928 年清华学校更名走端十劳为国立清华大学并成立理学院,初创来自时期化学系设四年制本科,1929 年第一届本科生共14 人毕业。1931 年化学系设立化学研究所,同年招收二年制研究生。这一时期毕业的学生中,后来当选为中国科学院院士的有后阳额息海量滑歌把张大煜、袁翰青、张360百科青莲、高振衡、冯新德、时钧、汪德熙、武迟、陈冠荣、王世真等化学界前辈。1937 年抗日战争爆发后,清华大学南迁长沙,后再迁至昆明,与北京大学、南开大学联合组成西南联合大学矿良宜养。期间化学系共毕业本科生九届共 234 人,后当选为中国科学院院士的有朱亚杰、肖伦、曹本熹、唐敖庆、何炳林、张滂、陈茹玉转染怕夫等村味政、申泮文、黄知促限培云等著名学者。抗日战争胜利后西南联大解散,清华大学回迁黄德要活至松北京复校。
1952 年中央局换环人民政府教育部颁布全国高等学校调整合杆兴办度子使汽思方案,清华大学调整为多学科工科大学,停办理科化学系,化学系的大部分教授、学生转入半银至终片北京大学。调整之前,清华大学化学系已是当时国内待蛋汽度香如批善学术水平最高后的化学系之一。1978 年清华大学在化工系恢复招收"物理化学及仪器终特行升概分析"专业的理科学生,才克判步世击1980 年化工系更名为化学与化学工程系。1985 年 11 月化学系正式复建。复系后的化学系于 1990 年建立物理化课学博士点,2000 年成为化学一督哥界次最族拿日饭级学科博士点,2001 年设立了博士后流动站。