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清华大学始建于 1911 年,前身是清华学堂,后改为清华学校。1926 年学部何击校改组成立大学部,化学系由此成立。
1928 年清华学校更名为国立清华大学并成立理学院,初创时期化学系设四年制本科,1929 年第一届本科生共14 人毕业。1931 年化学系设立医死绝府提科化学研究所,同年招收二年制研究生。这一时期毕业的学生中,后来当选为中国科学院院士的有张大煜、袁翰青存慢草封段责、张青莲、高振衡、冯新德、时钧、汪德熙、武迟、陈冠荣、王世真等化学界前辈。1937 年抗日战争爆发后,清华大学南迁长沙,后再迁至昆明,与北京大学、南开大学联合组成西南联合大学。期间化学系共毕业本科生九届共 234 人,后当选为中国科学院院士的有朱亚杰、肖伦、曹本熹、唐敖庆、何炳林、张滂、陈茹玉、申泮文、黄培云等著名学者。抗日战争胜利后西南联大解散,清华大学回迁北京复来自校。
1952 年中央人民政360百科府教育部颁布全国高等学校调整方案,清华大学调整为多学科工科大学,停办理科化学系,负素特括绍师松坐负化学系的大部分教授、学始体越书会连互和如生转入北京大学。调整副贵局轮告水之前,清华大训缺降学化学系已是当假仅论市失广确时国内学术水平最高的化学系之一。1978 年清华大学在化工系恢复招收"物理化学及仪器分析"专业的理科学生,1980 年化工系更名为化学与化学工程系。1985 年 11 月化学系正式复建挥没掌联夜。复系后的化学系于 1990 年建立物理化学博士点,2000 年试状袁怕行倍它酸支成为化学一级学科博士点,2001 年设立了博士后流动站。