蓝藻分布很广,淡水、海洋、湿地、沙漠上都有。从高温温泉到冰雪上均可生存。但在温暖和含有机物较多的水体划令之中较多。主要在淡水中生长,成为淡水中重要的浮游植物,在温暖的季节里常大量繁殖形成"水华"。在我国南方几乎一年四季都可以见到由蓝藻形成的"水华"。