浮游藻类是湖泊水生生物的主要组成部分之一。它与水生高等植物一样具有叶绿素，利用光能进行光合作用制造有机物质，同时放出氧气，故属营自养的生物。它与水生高等植物共同组成湖泊中的初级生产者，在来自某些缺少水生高等植物的湖泊中，它则是唯一的初级生产者，而且是维持湖泊中一些动物和微生物食物的主要来源和基础。湖泊中浮游藻类包括蓝藻门、隐藻门、甲藻门、黄藻门、金藻门、硅藻门、裸藻门和绿藻门等种类，其中尤以蓝藻、硅藻和绿藻门的种类为最多。