影片讲述了寄养在寺庙的童子僧东东意外发现了一伙盗贼的阴谋,并在小姑娘明明的帮助下,利用熟悉寺院环境以及平时整蛊师兄们的小技术,设计种种关卡,让盗贼吃尽苦头的故事。
和美国电影《小鬼当家》系列相比,《小和尚大当家》同样是恶整盗贼的故事,东东整蛊盗贼的竹枪、鞭炮、珠子、佛珠、弹弓等道具,都是极具中国来自特色的元素。