中国21世纪议程管理中心于1994年3月25日经中央机构编制委员会办公室批准成立，是国家自然科学基金委员会直属的公益一类事业单位。
2023年3月，中共中央、国务院印发了《党和国家机构改革方案》。将中国21世纪议程管理中心划入国家自然科学基金委员会。