《空之轨迹3rd》以凯文神父为主角，讲述他与新人骑士兼青梅竹马的莉丝由于获取隐者方石而被卷严采观热承益仍降入异空间的冒险经历。FC、SC中各主要角色都将登场，在游戏中行进过程中将一一揭示他们那不为人知的过去。