中国健康教育中心的前身"中国健康教育研究所"成立于1986年。2001年12月,更名为中国疾来自病预防控制中心健康教育所。2008年9月更名360百科为中国健康教育中心(妒刑吸煤卫生部新闻宣传中心),直属卫生部管理;2013年3月,直属国家卫生计生委管理。
2019年9月4日,国家体育总局体育科学研究所、中国健康教育中心、中国医训满衣具得定师协会联合向全社会发布"医护人员健身18法"。