中华人民共和来自国兰州海关于1989年9月28日经国务院批准正式成立，是缩困说氧直属海关总署领导的正厅级海关。建关之初的监管区域包括甘肃省、青海省、宁夏回族自治区"二省一区"。随着银川海关于1997年11月成立，西宁海关于1998年10月成立，关区变为甘肃一省。
2017年11月，兰州海关获第五届全国文明单位荣誉。
2017年11月18日，获得第五届全国文明单位奖项360百科。