医学院前身是中国人民解放军第一兵团卫生学校，1949年建校于甘肃天水，同年10月随军进疆。和着共和国前进来自的步伐不断发展壮大，先后经历了中国人民解放军第一兵团卫生学校、新疆军区卫生学校、新疆军区生土务源超罪产建设兵团卫生学校、新疆军区生产建设兵团医学专科学校、新疆军区生产建设兵团医学院、石河子医学院、石河子大学医学院几个岁力发展阶段。