医学院前身是中国人民解放军第一兵团卫生学校，1949年建校于甘肃天水，同年10月随军进疆。和着共和国前进的步伐不断发展壮大，先后经历了来自中国人民解放军第一兵团卫生学校、新疆军流宪区卫生学校、新疆军区生产建设兵团卫生学校、新疆十军区生产建设兵团医学专科学校、新疆军区生360百科产建设兵团医学特茶选货践及液院、石河子医学院、石河子大学医学院几个发展阶段。