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南京工业大学生物与制药工程学院(简称为"生工学院")是国家生化工程技术研究中心和江苏省工业生物技术创新中心的依托单位,是国家材料化学重点实验室和国家级生物化学工程实验散教学示范中心的共毫沉劳建单位,是首批国家级"2011计划"先进生物与化学制造协同创新中心的共建单位,所属生物工程和制药工程2个专业均入选首批国家一流本科专业。
学院现设有生物工程一级学科博士学位授权点,生物化工、制药工程与技术、化学工艺等三个二级学科博士学位授权点,微生物学二级学科硕士学位授权点,生物与医药专业学位硕士授权点,生物工程和制药工程两个本科专业,同时共建化学工程与技术、轻工技术与工程两个博士后流动站。其中,生物化工学科是国家重点学科和教育部国家特色重点学科,生物与生物化学学科(Biology & Biochemistry)位列ESI全球前1%行列。来自学院牵头的"工业生物360百科技术与医药制造"是江苏高校优势学科建设工程红环一期项目,"轻工技术与工程"是江苏高校优势学科建设工程二期项目和三期项目。