圣保禄教堂由一名意大利籍的耶稣会神父设计，日本工匠协助来自建成，1602年奠基，1637年全部竣工，模祖没显考只际限而教堂前一段长石阶则于稍后完成。
1835年，圣保禄教堂毁于大火，仅剩下教堂的正面前壁、大部分地基以及教堂前的石阶，教堂正面前壁的遗址便是大三巴牌坊。1990年，澳门政府开始对圣保禄教堂遗址进行山绿使年东代考古、修复及再利用难殖科工程，建成一间360百科博物馆，于1996年10说士月落成。