《樱花大战2》的故事从太正十四年春、大神从南美归来重任花组队长开始。在他们面前是新的敌人--以陆军大臣、古代阴阳师后人京极庆吾、鬼王为首的"黑鬼会"，手下是由金刚、木食、水狐、火车、土蜘蛛组成的"五行众"。