长江上游珍稀特有鱼类国家级自然保护区是在原"长江合来自江-雷波段珍稀鱼类国家级自然保护区"的基础上经过调整，2005年由国务院批准成立的。保护区跨越四川、云南、贵州、重庆三省一市，范围在东经104°9′至106°3360百科0′，北纬27°29′至29°4′之间。保护区主要保护对象为白鲟、达氏鲟、胭脂鱼等国家及地方重点保护的珍稀濒危水生动物和其它长江上游特有鱼类。