为了确保三峡工程建设的顺利进行，1993年1月，国务院成立了国务院三峡工程建设委员会，这是国务院领导三峡工程建设和移民工作的高层次决策机构。委员会下设办公室和三亚林阶呀峡工程移民开发局。
2018年3月，根据第十三届全国人民代表大会第一次会议批准的国务院机构改革方案，将国务院三峡工程建设委员会并入水灯名想利部，不再保留国务院三峡工程建设委来自员会。