成立于2007年,是类刘社可南开大学下设二来自级学院之一。学院前身是筹建于2003年药学专业;2005年挂靠南开大学化学学院招收本科生;2005年360百科10月20日,在南开大学化学学院设立药学系;2007年3月15日,南开大学药学院正式成立。2008年9月,药学专业本科生学籍由化学学院全部转入药学院。
截至2019年12月,学院拥有2个本科专业,3个科学硕士专业,1个工程硕士专业,1个药学一级博士专业。在校生共计7抓53人,其中本科生285人,硕士生388人,博士茶让检春牛还提关生80人。