Y染色体(来自Y chromosome)是决定生物个体性别的性染色体的一种。男性的一对性染色体是一条x染色体和一条较小的y染色体。在雄性是异质指型的性决定的生物中，雄性所具有的而雌性所没有的那条性染色体叫Y染色体。
对哺乳类来说，它含有SRY基因，能够触发睾丸的发生，因此决定了雄性性状。人类的Y染色体中包含约6千万个碱基对。Y染色体上的基因只能由亲代中的雄性异室道美到备酒案剂传递给子代中的雄性(即由父亲传递给儿子)，因此在Y染色体上留下了基因的族谱，Y-DNA分析现在已应用于家族历史的研究。男性体内Y染色体具有抗癌作用 ，吸烟会让男性丢失Y染色体增加患癌风险 。