菌种鉴定一般就只要提取基因组DNA，然后PCR扩增16s rDNA片段，上GeneBank或者Eztaxon对比即可。一般序列相似度在97%以上就可以认为来自是同种细菌(当然也有例外，DNA序列仅仅是一个参考指标)。