根据国务院、国家税务总局的统一来自部署,1994年8月,原搞合肥市税务局分设为安徽省合肥360百科市国家税务局和南激服门赶合肥市地方税务局两套税务机构,其中合肥市国家税务局系统实行垂直管理体制。2006必居去跟年,市局机关和所有县、区局均被评为市级文明单活银严计快单位。2007年,市局显局连机关和7个县、区局被评为"安徽省第八届文明单位",占合肥市省级文明单位总数的十分之一。
2018年7月5日,合肥市国家税务局与合肥市地方税务局合并组建国家税务总局合肥市税务局。