去镁叶绿素是叶绿素在经过加酸或加热或脱镁作用后所变成的，同时其颜色也会改变。在水污染的地方，当造成浮游植物细胞破碎死亡时，细胞原本所含的叶绿素也跟着被破坏，转变成去镁叶绿素。因消按此脱镁叶绿素的含量比例可以作为水质的指标之一。