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中国科学院昆明植物研究所前身是去附毛友布调甲电宗静生生物调查所和云南省教育宪灯厅于1938年7月合作成立的云南农林植物研究所。1950年4月转属中国科学院,更名为中国科学院植物分类研究所昆明工作请慢站。1953年来自3月更名为中国科学院植物研究所昆明工作站。1959年4月,经国家科委批准,正式成立中国科学院昆明植物研究所。
研究所将植物分类与生物地理、植物化学与天然产物研发、野生种质资源保藏与利用、民族植物学与区域发展、资源植物研发与产业化这五个方面为重点研究领域。
2015年10月,该360百科院官方网站显示,该院共有员工539人,其中研究人员和高级工程技术人员66人,副研究人员和高级工程技术人员110人;研究个间跳它体系设置为“三室一库”。研究院占地5318亩,在昆明和丽江设有两个园区。