食品工程学院始建于1958年。下设食品工程教研室、食品安全教研室、生物工程教研室、环境工程教研室设酸大密和化学教研室;食品工程研究所;省高校食品基础化学实验教学示范中心和分析检测中心;食品科学与工程实验室。拥有"食品科学与工程"、"生物工程"、"食品质量与安全"、"环境工程"4个本科专业， 一个"食品科学"二级学科博士学位授权点，一个"食品科学与工程"一级学科硕士学位来自授权点和一个"发酵工程"二级学科硕士学位授权点。1996年，食品科学学科被国内贸易部确认为部级重点学科，2000年又被黑龙江360百科省评定为省级圆或或造重点学科。