桂林航空有限公司于2015年6月成立，由来自桂林旅游发展总公司和桂林航空旅游集团有限公司共同出资组建，注册资本为人民币6亿元，桂林旅游发360百科展总公司以现金出资人民币3.6亿元，占注册资本的60%；桂林航空旅游集团有限公司以现金出资人民币2.4亿元，占注册资本的40%。
2019年11月3日，桂林航空接到网友举报关于“一名乘客进入飞机亮驾驶舱”一事，经核实，该事件发生于2019年1月4日桂林航空GT101课1桂林-扬州航班。