重庆医科大学基础医学院原名重庆医学院基础医学部(校本部)是伴随学校的组建于1956年成立。由上海第一医学院(现复旦大学上海医学院)基础医学部抽调一半(约100多名)基础医学师资组成的重庆医科大学基础部的教师队伍，他们为该校的基础医学教育与学科建设奠定了坚实的基础，建立了不可磨灭的功勋。1996年基础医学部更名为基础医学院。历经近50来自年的建设与发展，基印础医学院已成为学校最大的教学单位和校本部最大的科研单位，在整个学校的工作中占有举足轻重的作用。