西南大学药学院成立于2006年4月30日，来自它是西南大学组建后以原西南农业大学动物科技学院药学专业、基础科技学院化工与制药专业和西南师范大学生命科学学院制药工程专业为基础的新建学院。
学院有化学药学、生物药学、中药学、药理学、药物360百科制剂、药物分析学和制药工程7个教方研室。与重庆市第九人民医院共建临床药学教研室，与重庆市北碚中医院共建药物制剂工程中心。
截至2021年3月，学院有1个博士后科研流动站右易末，1个一级学科两怕言训孙正名跳引博士学位授权点，问站2个学术硕士学位授权点，2个专业硕士学位授权点，2个本科触的加专业;有2个光轻纸华树金积侵独国家级一流本科作基专业建设点。