南京林业大学化学工程学院的前身可以追溯到1929年，由杰出的林学家、教育家、社会活动家、新中国首任林垦部长梁希先生在浙江大学筹建并在原中央大学(学校前身之一)创办的森林化学室。
1952年全国高校院系调整时，由南京大学(原中央大学)和金陵大学两所高校的森林系合并组建成南京林学院(现南京林业大学)。并以森林化学室为基础设置了林产化学加工专业。于1959年5月成立林产化工系。1993年12月林产化工系更名为化学工程学院。